עם פרסום תכנית ההרחקה של מסתננים למדינה שלישית בשלהי 2017, נפגש יונתן יעקובוביץ, מייסד ומנהל הפעילות במרכז למדיניות הגירה ישראלית, עם ראש הממשלה בנימין נתניהו ושרים נוספים מספר פעמים, על מנת לשמוע עדכונים וכן להציע דרכי פעולה להתמודדות משפטית וציבורית אל מול הקמפיין הציבורי שניהלו מספר רב של ארגונים רדיקליים נגד מדיניות ההרחקה למדינה שלישית.
בעקבות הלחץ הציבורי שהפעילו אותם גורמים חזרה בה אחת מהמדינות השלישיות ונסוגה מההסכם. התפתחות זו הביאה את שר הפנים אריה דרעי וראש הממשלה נתניהו לחתום על הסכם עם נציבות האו"ם לפליטים שבמסגרתו ישראל הייתה אמורה לקלוט למעלה מ- 16,000 מסתננים, בתמורה ליישוב מחדש של מספר דומה של מסתננים במדינות מערביות בעזרת הנציבות.
כחלק מהתכנית, הוחלט להקים מנהלת מיוחדת שתבחן אילו אוכלוסיות מסתננים יצאו מישראל ואילו אוכלוסיות יישארו בשטחה, לדאוג לפיזורם ברחבי הארץ וכן להקצות משאבים לשיקום דרום תל אביב. במהלך מסיבת עיתונאים שכינסו שר הפנים וראש הממשלה ביקשו למנות את מר יעקובוביץ' לצוות הביצוע של המנהלת.
עם זאת, בעקבות סערה ציבורית שפרצה לאחר פרסום ההחלטה, כבר למחרת כינס ראש הממשלה נציגים של תושבי דרום תל אביב, בהשתתפות מר יעקובוביץ', שר הפנים דרעי, ראש המל"ל ונציגי רשות האוכלוסין, והכריז על החלטתו לחזור בו מהכוונה לחתום על מתווה האו"ם. עם ביטול המתווה בוטלה גם הכוונה להקים את המנהלת.
המרכז למדיניות הגירה ישראלית בירך על החלטת ראש הממשלה לחזור בו ממתווה האו"ם ואף פרסם מסמך וסרטון המסבירים בפירוט מדוע מדובר בתכנית שאיננה משרתת את האינטרסים של מדינת ישראל.
