בעקבות ביטול החוק למניעת הסתננות בפעם השנייה (תיקון מספר 4), יצאה הכנסת שוב בהליך חקיקה מהיר על מנת להעניק מסגרת חוקית חלופית לפני תום שלושת החודשים שקבע בג"ץ לשחרור השוהים מתוקף החוק שבוטל. לאחר ביטול החוק, המרכז למדיניות הגירה ישראלית  קידם את יוזמת חוק הפיקדון החייב מעסיקי מסתננים להפקיד שיעור מסוים משכרם בקרן ממשלתית עד ליציאתם מישראל. כמו כן, המרכז למדיניות הגירה ישראלית היה מעורב בכל הדיונים על החוק החדש העוסק במשמורת ובתקופת השהייה המקסימלית במתקן חולות, וכן העביר הערות לתזכיר החוק הממשלתי.

החוק החדש שעבר ב-8 בדצמבר 2014 (החוק למניעת הסתננות ולהבטחת יציאתם של מסתננים מישראל), רגע לפני פיזור הכנסת, קבע כי מסתננים שייכנסו לישראל יועברו למשמורת במתקן סגור לתקופה של שלושה חודשים בלבד, ולאחר מכן יעברו למתקן חולות לעשרים חודשים לכל היותר. גם מסתננים שכבר שוהים בישראל יזומנו למתקן חולות, לתקופה שלא תעלה על שלושה חודשים. תקופת השהייה במתקן של מסתננים שכבר שהו בו בעבר במסגרת חקיקה קודמת, תקוזז. כמו כן השוהים במתקן חולות יחויבו להתייצב לרישום רק פעם אחת בלילה, במקום שלוש פעמים לפי החוק הקודם שבוטל.

על אף שמדובר הפעם בחוק מרוכך מאוד, עשרה ימים חלפו מיום אישורו של החוק בקריאה שלישית בכנסת, עד שארגוני זכויות המסתננים הגישו עתירה דחופה לבג"ץ לביטול התיקון האחרון לחוק למניעת הסתננות, ולקבלת צו ביניים לעיכוב החלת החוק. העתירה הוגשה בשם שישה ארגונים (המוקד לפליטים ולמהגרים, האגודה לזכויות האזרח, א.ס.ף – ארגון סיוע לפליטים ומבקשי מקלט בישראל, קו לעובד, רופאים לזכויות אדם והמרכז לקידום פליטים אפריקאים) ושני מבקשי מקלט, אזרח אריתראה ואזרח סודן, שהיו כלואים מזה כ-10 חודשים במתקן "חולות". המרכז למדיניות הגירה ביקש להצטרף גם הפעם כמשיב לדיון באמצעות עורך הדין גיא צברי.

פסק הדין בעתירה זו ניתן ב-11 באוגוסט 2015. ברוב של שמונה שופטים מול אחד ביטל בג"ץ את סעיפי החוק שקבעו את התקופה המרבית להחזקתם של מסתננים במתקן "חולות". בג"ץ קבע כי תקופה של 20 חודשים היא בלתי מידתית, והקצה לכנסת 6 חודשים כדי לתקן את תקופת השהייה המרבית של מסתננים במתקן השהייה הפתוח, כך שתהיה מידתית. עוד נקבע, כי יש לשחרר לאלתר את כל מי ששוהה בחולות 12 חודשים או יותר – רובה המכריע של אוכלוסיית השוהים במתקן באותו הזמן.

יחד עם זאת, השופטים דחו את העתירה נגד כליאת מסתננים ב"סהרונים" עם הגעתם לישראל למשך 3 חודשים לצורך זיהוי ובדיקת אפשרות גירוש, וכן נדחתה העתירה בכל הנוגע לסמכותה של המדינה לחייב מסתננים לשהות במתקן "חולות".

בתחילת דצמבר 2015 הגישו העותרים בקשה לפי פקודת ביזיון בית המשפט. בבקשה נטען כי המדינה מבזה את פסק הדין בכך שאינה מקיימת את הוראת בית המשפט העליון לשקול בכל מקרה את משך השהייה במתקן "חולות" בהתאם לנסיבות האישיות של כל מסתנן, ובכך שבכל המקרים מאז ניתן פסק הדין הוצאו הוראות שהייה לפרק זמן של שנה. בתגובתה הודתה המדינה כי כל הוראות השהייה מאז פסק הדין הוצאו לפרק זמן של שנה. המדינה הודיעה כי תקיים שימועים נוספים לכל מי שמוחזקים במתקן "חולות" כדי לקבוע את משך שהייתם במתקן, וכי מעתה יתקיימו שני שלבים ביחס למי שיזומנו למתקן: בשלב הראשון תוצא הוראת שהייה; ובשלב השני, 30 ימים לאחר התייצבותם במתקן, יתקיים שימוע שני שבו יוחלט מה יהיה משך ההחזקה. בעקבות דיון שהתקיים בבקשה נקבע כי בטרם תישלח לאדם הוראת שהייה ב"חולות", על משרד הפנים לערוך עימו ריאיון, לשקול את נסיבותיו הפרטניות, ואם הוחלט לשלחו ל"חולות" – לקצוב מראש את זמן השהייה שם.

בעקבות פסק הדין, ב-8 בפברואר 2016 אושר בכנסת תיקון נוסף לחוק ההסתננות, המקצר את תקופת השהייה המרבית ב"חולות" מ-20 חודשים ל-12 חודשים בלבד.